Für den erfolgreichen Aufbau der Massenspektrometrie für die Systemmedizin in den Neurowissenschaften ist die Entwicklung von durchgängigen und zweckdienlichen Arbeitsabläufen von zentraler Bedeutung, um die zahlreichen Herausforderungen zu bewältigen, die mit der Analyse klinischer Proben vor einem komplexen Krankheitshintergrund verbunden sind. Die Standardisierung und Qualitätskontrolle ist für die Entdeckung und Validierung von Biomarkern während des gesamten Arbeitsablaufs und für alle eingesetzten Geräte von wesentlicher Bedeutung. Angefangen bei der Probenentnahme, über die Probenvorbereitung und massenspektrometrische Analyse bis hin zur Datenarchivierung, und der Dokumentation der eingesetzten bioinformatischen Methoden. CLINSPECT-M verfolgt einen systematischen und stufenweisen Ansatz, um die oben genannten Anforderungen zu erfüllen. Wir werden mit der Joint Biobank Munich (JBM), die Teil der vom BMBF geförderten Deutschen Biobank-Allianz (GBA) ist, zusammenarbeiten und zunächst Protokolle zur Probenahme und -lagerung für Liquor, Plasma und frisch gefrorenem Hirngewebe der Münchner Biobanken und der externen Partner bewerten. Insbesondere werden potenzielle Störfaktoren identifiziert, die sich negativ auf proteomische Messungen auswirken könnten, und gemeinsam diskutiert, wie diese beseitigt werden können. Dies erstreckt sich auch auf potenziel notwendig werdende Änderungen bei der Probenahme oder in den Standardarbeitsanweisungen (SOPs) der Biobanken.
Die Partner des Konsortiums setzen ihre jeweils aktuellen Methoden ein, einschließlisch LC-MS/MS-Hardwarekonfigurationenen und Datenverarbeitungsansätzen, um im Rahmen der München-weiten Ringstudie anhand der repetitiven Messung eines standardisierten Satzes von Liquor-, Blutplasma-, Serum und Gewebeproben, die Best-Practice-Methoden zu ermitteln.
Besonderes Augenmerk legen wir auf die zukünftige klinische Anwendbarkeit der Arbeitsabläufe, einschließlich Sensitivität, Reproduzierbarkeit, Robustheit und Automatisierungspotenzial. Um Best-Practice-Methoden im gesamten Konsortium verfügbar zu machen, werden wir Personal zwischen den Partnerstandorten zu Schulungszwecken austauschen und Änderungen in den Protokollen im Laufe der Zeit verfolgen.
Eine zweite München-weite Benchmarking-Studie wird mit denselben Proben durchgeführt, um i) zu evaluieren, inwieweit bewährte Verfahren zwischen den Laboren übertragen werden können, ii) um Bereiche zu identifizieren, in denen Anpassungen erforderlich sind und iii) um die Grundlage für die Definition von analytischen SOPs für diese Arten von Analyten zu schaffen. Um den Erfahrungsaustausch über das Münchner Konsortium hinaus zu fördern und die Methodik weiter zu verbessern, werden wir einen deutschlandweiten Ringversuch mit anderen MScoreSys-Standorten initiieren. Dies soll schließlich zu nationalen Standards, übertragbaren SOPs und einer qualitativ hochwertigen Ausbildung des analytischen Klinikpersonals führen.

Mit diesem gemeinsamen Ziel vereint Workpackage 5 klinische Experten um Prof. Daniel Teupser (Institut für Laboratoriumsmedizin, Ludwigs-Maximilians-Universität München) und Prof. Wilko Weichert (Institut für Allgemeine und Chirurgische Pathologie, Technische Universität München), Proteomik-Know-how im Raum München, darunter die Gruppen von Dr. Stefanie Hauck (Metabolomics and Proteomics Core, HMGU), Prof. Axel Imhof (Protein Analysis Unit, Ludwigs-Maximilians-Universität München), Prof. Stefan Lichtenthaler (Lehrstuhl für Neuroproteomik, Technische Universität München), Prof. Bernhard Küster (Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik, Technische Universität München), Prof. Matthias Mann (MPI für Biochemie), Dr. Julia Mergner und Dr. Christina Ludwig (beide BayBioMS), sowie bioinformatische Expertise durch das Team von Prof. Jürgen Cox (MPI für Biochemie). Dieses herausragende Team von Experten aus verschiedenen Disziplinen leistet gemeinschafltichen einen wichtigen Beitrag zur erfolgreichen Etablierung der Massenspektrometrie für die Systemmedizin in den Neurowissenschaften.